Copiii cu autism își reglează cu dificultate emoțiile și au o capacitate mai redusă de exprimare a acestora (Paulraj, Alwi și Vetrayan, 2016). Aceștia pot avea sentimente extreme și pot fi copleșiți de stări emoționale pe care adesea nu le înteleg. Dacă stau singuri într-un colț, plangând sau se automutilează, ei exprimă emoții, însă aceasta nu constituie comunicare. În aceste cazuri se vorbește mai mult despre un “comportament precomunicativ” : copilul dorește să comunice însă nu știe cum (Peeters, 2016). Agresivitatea în cazul persoanelor diagnosticate cu autism poate lua forma auto-rănirii: copilul se mușcă, își lovește capul cu pumnii, se dă cu capul de podea sau de colțurile mobilei. Mușcăturile, zgârieturile sau loviturile se pot îndrepta și către cei din jur. Părinții se plâng că nu se înțeleg cu copiii lor, că aceștia au o toleranță foarte scăzută la frustrare și reacționează cu furie extremă chiar si la nemulțumiri minore.
Copiii cu autism integrează emoții resimțite într-o manieră atipică, bazându-se pe regulile logice și convențiile învățate despre emoții și manifestă o atenție generală scăzută la emoțiile negative (Begeer et al., 2010).
Simptomatologia anxietății este frecvent raportată la copiii cu autism, iar prevalența tulburării de anxietate fiind estimată la aproximativ 40%. Cu toate acestea, majoritatea studiilor s-au concentrat asupra copiilor cu vârsta de 8 ani sau mai mult, astfel încât puțin este cunoscut despre semne timpuri de anxietate la copii mai tineri cu autism. Studiu efectuat de Keen, Adams, Simpson, Houting și Roberts (2017) au încercat să descrie simptomatologia asociată cu anxietatea la copiii cu autism cu vârsta cuprinsă între 5 și 6 ani și au descoperit că intoleranța incertitudinii este un mecanism important în dezvoltarea și menținerea anxietății la copiii mici cu autism. Autiști sunt lesne surescitați atunci cand au de-a face cu stimuli noi și imprevizibili, aceștia regăsindu-se în mod evident cel mai mult în comportamentul social prin excelență schimbător. O mare parte din comportamentele repetitive legate de obiecte poate fi interpretată ca o încercare de alungare a anxietății. Multe fixații ale copiilor cu autism au de-a face cu nevoia lor de a-și proteja sistemul nervos hiperactiv de surescitare prin concentrarea asupra obiectului fixației, alte forme de stimulare cărora nu le pot face față fiind blocate (Peeter, 2016).